為使本校學生依其需求及興趣而自治組織、社團組織活動，旨在提昇學生組織效能，並促進其全人發展。

目前自治組織有：

• 學生自治會：為發揮同學自立及互助精神，促進肢體生活及恩賜操練，並成為學校與同學間之橋樑。回應本校「為時代及教會培育神國的工人；進而使耶穌基督的福音在各處被傳揚，使普世的人信服祂為萬王之王、萬主之主，使祂的名被高舉，衪的榮耀被彰顯」異象，協助學生群體學習順服與委身，甘心樂意領受呼召成為忠心良善又有見識的僕人。

目前本校學生社團有：

• 迦南團契：為成全來台灣讀書的海外同學在學校同享主恩。幫助和配合學校了解海外同學在華神的狀況和需要。使海外師生彼此相顧，成為特別而不特殊的群體。讓海外同學能夠更快更好的適應和融入華神大家庭。
• 靈悟社：通過靈性和悟性的精進，透過思辨和對話，連結華神有負擔於公共、倫理、神學議題的弟兄姊妹。 透過讀書會或議題討論，來思想基督徒如何回應公共議題。每學期一次邀請一位「公共議題相關」的講員分享，並於下次的聚會時討論議題。邀請至少兩位以上的講員進行靈悟講壇，內容會著重於「討論關於公共、倫理和神學議題」，並以對話和溝通為主要活動內容。
• 籃球社：培養學校學生有穩定的運動習慣，並培養良好的人際溝通、互動技巧。運動當中連結人際關係、交流課業與實習的心得，成為跨年級同學的互動橋樑。透過籃球運動增進彼此情誼，培養健康的身心靈。
• 福音行動社：遵守主耶穌的命令，將福音傳給華神周遭鄰舍。激勵師生傳福音的負擔， 操練多元化佈道。 預備學生進入服事工場，體會福音是上帝的大能。