神學碩士學位是為已取得道學碩士學位者，提供進深神學研究學位，可為將來修讀博士課程做準備。此外，也適合資深牧者們回到神學院整合事奉學思經歷，裝備進深神學研究及寫作的能力。
舊約組、新約組、神學組、教會歷史組、實踐神學組。
須修滿26學分，包含：
18學分：6門課程，每門3學分，必須包含4門專攻領域課程。 1學分：學術研討會，為必修學分。 1學分：論文寫作與研究方法，為入學時必修。 6學分：論文（含附註及書目在內，需在3萬~5萬字之間）。
